Redmine - задачи, вики по проектам, учёт времени, комментарии и много чего ещё. Более подробно можно узнать у гугла. GitHub - контроль версий Свой клауд на основе Seafile Skype / ICQ - чтобы ссылки на весёлые картинки присылать. Грамотное использование комментариев в каждом конкретно взятом файле между всеми участниками проекта.