В фотошопе с созданием анимации проблем не замечал, тем более с отображением цветов. вот подробная инструкция по созданию анимированного баннера: http://webmastersam.ru/grafika-photoshop-sozdat-animirovanniy-banner.html. Возможно матчасть нужно подучить и разобраться с сохранением графики для web.